25 Temmuz 2016 tarihli “Olağanüstü Hal Kapsamında Bazı Tedbirler Alınması ve Milli Savunma Üniversitesi Kurulması ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair” 669 sayılı Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile Milli Savunma Üniversitesi (MSÜ) kurulmuştur. Aynı KHK ile Harp Akademileri Kanunu yürürlükten kaldırılmış ve Askerî Liseler kapatılmıştır.

Cumhurbaşkanlığının 04 Ekim 2016 tarihli ve 2016 / 97 sayılı Kararı ile Milli Savunma Üniversitesi Rektörlüğüne Prof.Dr. Erhan AFYONCU atanmıştır.

Millî 09 Kasım 2016 tarihli ve 6756 sayılı “Olağanüstü Hal Kapsamında Bazı Tedbirler Alınması ve Milli Savunma Üniversitesi Kurulması ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun Hükmünde Kararnamenin Değiştirilerek Kabul Edilmesi Hakkında Kanun” ile 669 sayılı KHK kabul edilmiştir.

14 Kasım 2016 tarihli ve 2016/9522 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile MSÜ akademik birimleri aşağıdaki gibi teşkil edilmiştir:

a) Rektörlüğe bağlı Kara Harp Okulu, Deniz Harp Okulu ve Hava Harp Okulu,
b) Rektörlüğe bağlı Kara Astsubay Meslek Yüksekokulu, Deniz Astsubay Meslek Yüksekokulu, Hava Astsubay Meslek Yüksekokulu ve Bando Astsubay Meslek Yüksekokulu,
c) Rektörlüğe bağlı Kara Harp Enstitüsü, Deniz Harp Enstitüsü, Hava Harp Enstitüsü, Müşterek Harp Enstitüsü, Atatürk Stratejik Araştırmalar Enstitüsü, Alparslan Savunma Bilimleri Enstitüsü, Barbaros Deniz Bilimleri ve Mühendisliği Enstitüsü, Hezârfen Havacılık ve Uzay Teknolojileri Enstitüsü, Milli Savunma ve Güvenlik Enstitüsü ve Fatih Harp Tarihi Araştırmaları Enstitüsü.Fatih Harp Tarihi Araştırmaları Enstitüsü ve Millî Savunma ve Güvenlik Enstitüsü 2016 yılında MSÜ Üniversitesinin kuruluşu ile beraber açılmıştır.

Millî Savunma Bakanlığının 06 Ocak 2017 tarihli emriyle Rektör Yardımcıları atanmış ve Genel Sekreter görevlendirilmiştir.

MSÜ Rektörlüğü 09 Ocak 2017 tarihinden itibaren Mülga Harp Akademileri Komutanlığı Yenilevent / İSTANBUL yerleşkesinde faaliyete başlanmıştır.